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医院设有包括心血管病、眼部疾病、消化疾病微创诊疗、生殖医学、精神疾病、肾结石等7个湖北省临床医学研究中心，以及抑郁症、临床腹膜透析、复杂食管疾病等3个武汉市临床医学研究中心。心血管病介入诊疗、肾病、消化内镜、超声、精神病、神经外科、眼科、变态反应、健康体检等多个湖北省质量控制中心设在医院。设有湖北省神经精神研究所、湖北省儿科研究所和武汉大学心血管病研究所、消化与肝病研究所、泌尿系病研究所、眼科研究所、耳鼻喉-头颈外科研究所、心脏自主神经研究中心以及生物医学工程、临床药学、妇科、生殖医学等研究室。湖北省免疫基础与临床应用国际科技合作基地和湖北省发改委模式动物工程研究中心设在医院，湖北省模式动物中心的技术水准与特色达国际一流。

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本学科先后承担国家级及省部级科研项目29项，其中国家自然科学基金4项，科研成果经鉴定达国际先进水平，获湖北省科技进步三等奖1项，湖北省科技成果认定1项。近年来累计在国内外学术期刊发表学术论文180余篇，其中SCI论文及中华系列杂志论文60余篇，出版专著10余部。病理科每年积极参与中华医学会病理年会投稿，投稿量连续六年全省第一、全国前十，连续六年获得“投稿论文单位奖”。

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